Phục hồi phân vùng thường là bước thứ hai của toàn bộ quá trình. Bởi vì ngoài một số công cụ trực tiếp đọc / ghi ổ đĩa cứng, hầu hết công cụ phẩn mềm chay theo hệ điều hành, hoạt động với xu hướng hệ thống. Trong ổ đĩa truy cập hệ điều hành trên cơ sở của MBR và DBR; không có MBR và DBR, hệ điều hành không thể truy cập vào hệ thống tập tin. Vì vậy, nếu bảng phân vùng bị hỏng, chúng ta cần xây dựng lại bảng phân vùng, mà thường thực hiện bằng tay, trong một số trường hợp đặc biệt nó có thể được thực hiện tự động bởi một số phần mềm.
Nếu bảng phân vùng bị hỏng, có nhiều công cụ tự động xây dựng lại, chỉ khi vấn đề trục trặc không quá nghiêm trọng. Nếu nó quá nghiêm trọng, hoặc cấu trúc bảng phân vùng quá phức tạp, chúng ta cần phải làm thủ công. Thông thường chúng ta sử dụng một số công cụ phần mềm khôi phục bảng phân vùng bị mất.
The other services